COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-17 17:00:00 5.740192 5.740192 4.706386
2021-07-16 17:00:00 6.134372 6.134372 4.511467
2021-07-15 17:00:00 5.517970 5.517970 4.339562
2021-07-14 17:00:00 4.342564 4.342564 4.139543
2021-07-13 17:00:00 3.435226 3.435226 3.921599
2021-07-12 17:00:00 3.948070 3.948070 3.712150
2021-07-11 17:00:00 3.542415 3.542415 3.497489

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-17 17:00:00 1.696607 2.582605 2.649037
2021-07-16 17:00:00 1.839588 1.839588 2.636471
2021-07-15 17:00:00 4.310345 4.310345 2.710858
2021-07-14 17:00:00 3.296703 3.296703 2.734435
2021-07-13 17:00:00 2.718287 2.718287 2.746143
2021-07-12 17:00:00 0.000000 2.844828 2.752515
2021-07-11 17:00:00 1.574307 1.574307 2.693701

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-17 17:00:00 4.347826 4.347826 3.193499
2021-07-16 17:00:00 6.097561 6.097561 3.094386
2021-07-15 17:00:00 1.501502 2.178649 3.197871
2021-07-14 17:00:00 4.950495 4.950495 3.275583
2021-07-13 17:00:00 1.282051 1.282051 3.291895
2021-07-12 17:00:00 0.000000 0.000000 3.198387
2021-07-11 17:00:00 4.065041 2.314815 3.185460

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-17 17:00:00 3.455285 3.455285 2.581485
2021-07-16 17:00:00 4.466357 2.784223 2.550606
2021-07-15 17:00:00 1.882353 2.911765 2.540889
2021-07-14 17:00:00 2.779156 2.779156 2.489240
2021-07-13 17:00:00 2.243270 2.243270 2.402212
2021-07-12 17:00:00 1.664533 0.754060 2.293569
2021-07-11 17:00:00 4.268775 4.268775 2.215306

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-17 17:00:00 8.016167 8.016167 8.632940
2021-07-16 17:00:00 9.995100 9.995100 8.649317
2021-07-15 17:00:00 11.153480 11.153480 8.572168
2021-07-14 17:00:00 8.389112 8.389112 8.642376
2021-07-13 17:00:00 4.194941 6.252874 8.494740
2021-07-12 17:00:00 8.185053 8.914177 8.273843
2021-07-11 17:00:00 5.701754 8.034229 8.098407

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-17 17:00:00 11.010638 11.010638 8.297734
2021-07-16 17:00:00 14.556041 8.515284 8.128733
2021-07-15 17:00:00 12.261380 7.929515 7.964741
2021-07-14 17:00:00 6.324324 8.453757 7.669566
2021-07-13 17:00:00 4.782882 4.782882 7.292997
2021-07-12 17:00:00 14.285714 8.526012 6.984352
2021-07-11 17:00:00 7.724252 7.724252 6.699899

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-17 17:00:00 1.737116 1.737116 1.774372
2021-07-16 17:00:00 2.233677 2.233677 1.773598
2021-07-15 17:00:00 1.704545 1.704545 1.802151
2021-07-14 17:00:00 3.281250 1.640625 1.831357
2021-07-13 17:00:00 1.240695 1.240695 1.835557
2021-07-12 17:00:00 5.821918 5.821918 1.828633
2021-07-11 17:00:00 0.657895 0.657895 1.836245

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-17 17:00:00 13.638843 5.237316 5.473999
2021-07-16 17:00:00 11.899006 4.727370 5.410908
2021-07-15 17:00:00 9.067557 4.469561 5.397826
2021-07-14 17:00:00 5.990783 5.990783 5.336565
2021-07-13 17:00:00 5.502154 5.502154 5.206694
2021-07-12 17:00:00 7.547170 7.547170 5.090334
2021-07-11 17:00:00 6.278714 6.278714 4.903868

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-17 17:00:00 2.476362 1.283206 1.617105
2021-07-16 17:00:00 3.018446 1.453326 1.595255
2021-07-15 17:00:00 2.254545 2.254545 1.559359
2021-07-14 17:00:00 2.534854 2.534854 1.540622
2021-07-13 17:00:00 1.581278 1.581278 1.474402
2021-07-12 17:00:00 1.090909 0.582524 1.406002
2021-07-11 17:00:00 2.042419 2.042419 1.338435

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-17 17:00:00 3.991616 3.991616 3.741493
2021-07-16 17:00:00 4.376920 4.376920 3.530553
2021-07-15 17:00:00 4.817906 4.817906 3.344063
2021-07-14 17:00:00 4.700090 4.700090 3.092554
2021-07-13 17:00:00 3.135571 3.135571 2.857989
2021-07-12 17:00:00 1.504355 1.504355 2.595893
2021-07-11 17:00:00 2.981159 2.981159 2.363392

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-17 17:00:00 4.048892 4.048892 3.239252
2021-07-16 17:00:00 4.224208 4.224208 3.135845
2021-07-15 17:00:00 3.300330 3.300330 3.147968
2021-07-14 17:00:00 4.109589 4.109589 3.174808
2021-07-13 17:00:00 1.674641 1.674641 3.200531
2021-07-12 17:00:00 2.506964 0.795053 3.108245
2021-07-11 17:00:00 3.516682 3.516682 3.116914

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-17 17:00:00 2.227723 2.227723 2.579739
2021-07-16 17:00:00 5.778894 5.778894 2.481102
2021-07-15 17:00:00 2.695418 2.695418 2.277196
2021-07-14 17:00:00 2.020202 2.023121 2.122996
2021-07-13 17:00:00 0.000000 0.000000 1.944133
2021-07-12 17:00:00 0.854701 0.854701 1.792484
2021-07-11 17:00:00 2.023121 2.023121 1.603061

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-17 17:00:00 13.229572 4.863813 7.450282
2021-07-16 17:00:00 7.042254 7.042254 7.566023
2021-07-15 17:00:00 11.224490 11.224490 7.277956
2021-07-14 17:00:00 9.090909 9.090909 7.018067
2021-07-13 17:00:00 8.612440 8.612440 6.811786
2021-07-12 17:00:00 0.000000 0.000000 6.549292
2021-07-11 17:00:00 3.437500 6.811146 6.293403

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-17 17:00:00 3.316327 3.316327 2.719671
2021-07-16 17:00:00 5.518395 5.518395 2.488238
2021-07-15 17:00:00 3.565891 3.565891 2.274993
2021-07-14 17:00:00 4.395604 1.282051 2.082957
2021-07-13 17:00:00 2.087683 2.087683 1.872027
2021-07-12 17:00:00 1.666667 0.366300 1.650581
2021-07-11 17:00:00 1.379310 1.379310 1.476033

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-17 17:00:00 1.113586 1.113586 1.402936
2021-07-16 17:00:00 2.680653 1.235431 1.369078
2021-07-15 17:00:00 2.543007 2.543007 1.363128
2021-07-14 17:00:00 1.758058 1.758058 1.332213
2021-07-13 17:00:00 1.360021 1.360021 1.285962
2021-07-12 17:00:00 1.080737 1.080737 1.242240
2021-07-11 17:00:00 1.365485 1.365485 1.198883

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-17 17:00:00 5.389222 2.860945 2.719812
2021-07-16 17:00:00 3.271693 3.271693 2.663244
2021-07-15 17:00:00 2.815013 2.815013 2.712163
2021-07-14 17:00:00 2.851588 2.851588 2.717406
2021-07-13 17:00:00 6.680441 3.099174 2.779062
2021-07-12 17:00:00 1.493711 1.493711 2.827920
2021-07-11 17:00:00 5.657238 2.379286 2.891499

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-17 17:00:00 7.229833 7.229833 4.538676
2021-07-16 17:00:00 5.615724 5.615724 4.298990
2021-07-15 17:00:00 4.942630 4.942630 4.047352
2021-07-14 17:00:00 6.198347 2.387511 3.746318
2021-07-13 17:00:00 4.244817 4.244817 3.477625
2021-07-12 17:00:00 7.738998 2.472128 3.179855
2021-07-11 17:00:00 3.532609 3.532609 2.944312

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-17 17:00:00 9.757754 9.757754 5.588414
2021-07-16 17:00:00 8.371286 4.359141 5.507915
2021-07-15 17:00:00 8.847118 5.263158 5.373040
2021-07-14 17:00:00 5.933251 5.933251 5.172751
2021-07-13 17:00:00 3.841060 3.841060 5.001389
2021-07-12 17:00:00 6.004804 3.607504 4.824166
2021-07-11 17:00:00 5.884244 5.884244 4.640595

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-17 17:00:00 4.517705 1.800977 1.737093
2021-07-16 17:00:00 3.532609 1.818562 1.739656
2021-07-15 17:00:00 3.402163 1.740413 1.756436
2021-07-14 17:00:00 1.837860 1.837860 1.711330
2021-07-13 17:00:00 1.625000 1.625000 1.688583
2021-07-12 17:00:00 3.565640 1.507538 1.647273
2021-07-11 17:00:00 1.866152 1.866152 1.609474

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-17 17:00:00 6.423983 6.423983 3.338076
2021-07-16 17:00:00 11.691023 3.131524 3.240224
2021-07-15 17:00:00 4.184100 4.184100 3.134311
2021-07-14 17:00:00 2.459016 2.459016 2.962201
2021-07-13 17:00:00 2.976190 2.976190 2.742564
2021-07-12 17:00:00 2.564103 0.856531 2.620727
2021-07-11 17:00:00 1.477833 1.477833 2.516745

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-17 17:00:00 0.904977 0.226244 0.241769
2021-07-16 17:00:00 2.358491 0.471698 0.225685
2021-07-15 17:00:00 0.000000 0.000000 0.212321
2021-07-14 17:00:00 0.000000 0.000000 0.226508
2021-07-13 17:00:00 0.632911 0.632911 0.209711
2021-07-12 17:00:00 0.000000 0.000000 0.201691
2021-07-11 17:00:00 1.081081 0.270270 0.186151

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-17 17:00:00 7.911924 7.911924 6.899949
2021-07-16 17:00:00 10.255792 10.255792 6.599426
2021-07-15 17:00:00 6.508391 6.508391 6.179130
2021-07-14 17:00:00 5.437500 5.437500 6.032163
2021-07-13 17:00:00 6.082375 6.082375 5.731840
2021-07-12 17:00:00 5.814843 5.814843 5.483293
2021-07-11 17:00:00 4.382889 4.382889 5.190755

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.696607 2.582605 2.649037
Basilicata 4.347826 4.347826 3.193499
Calabria 3.455285 3.455285 2.581485
Campania 8.016167 8.016167 8.632940
Emilia-Romagna 11.010638 11.010638 8.297734
Friuli Venezia Giulia 1.737116 1.737116 1.774372
Lazio 13.638843 5.237316 5.473999
Liguria 2.476362 1.283206 1.617105
Lombardia 3.991616 3.991616 3.741493
Marche 4.048892 4.048892 3.239252
Molise 2.227723 2.227723 2.579739
P.A. Bolzano 13.229572 4.863813 7.450282
P.A. Trento 3.316327 3.316327 2.719671
Piemonte 1.113586 1.113586 1.402936
Puglia 5.389222 2.860945 2.719812
Sardegna 7.229833 7.229833 4.538676
Sicilia 9.757754 9.757754 5.588414
Toscana 4.517705 1.800977 1.737093
Umbria 6.423983 6.423983 3.338076
Valle d'Aosta 0.904977 0.226244 0.241769
Veneto 7.911924 7.911924 6.899949

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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